「東區」在日治時期,係由竹圍、東門二區改編而成,民國35年時,安順庄(現在的安南區)劃入本市,使本區位置趨向臺南市東南方,但是仍沿用原名東區。二戰後初期,大部分區域均為農田,後因陸續有國立成功大學的設立、竹篙厝、虎尾寮劃為工業區,及民國66年時,竹篙厝段304公頃所開發的第四期重劃區,使得東區公共設施完善,人口遽增,為理想文教住宅區。至民國70年時,共轄分42里。民國82年5月崇善里劃分為崇善、崇成2里;大智里劃分為大智、東智2里;關聖、東聖2里,91年2月4日崇學里劃分為崇學里、崇信里2里,計轄45里,轄分1207鄰。民國95年1月9日重新調整,將關聖里劃分為關聖、文聖、南聖3里,計轄47里,轄分1279鄰。民國99年7月27日中興、復國里併入後甲里,計轄45里,1240鄰。民國99年12月25日臺南縣、市合併,區名維持不變。民國107年1月29日里鄰調整,目前計轄45里,877鄰。