「東區」在日治時期，係由竹圍、東門二區改編而成，民國35年時，安順庄(現在的安南區)劃入本市，使本區位置趨向臺南市東南方，但是仍沿用原名東區。二戰後初期，大部分區域均為農田，後因陸續有國立成功大學的設立、竹篙厝、虎尾寮劃為工業區，及民國66年時，竹篙厝段304公頃所開發的第四期重劃區，使得東區公共設施完善，人口遽增，為理想文教住宅區。至民國70年時，共轄分42里。民國82年5月崇善里劃分為崇善、崇成2里；大智里劃分為大智、東智2里；關聖、東聖2里，91年2月4日崇學里劃分為崇學里、崇信里2里，計轄45里，轄分1207鄰。民國95年1月9日重新調整，將關聖里劃分為關聖、文聖、南聖3里，計轄47里，轄分1279鄰。民國99年7月27日中興、復國里併入後甲里，計轄45里，1240鄰。民國99年12月25日臺南縣、市合併，區名維持不變。民國107年1月29日里鄰調整，目前計轄45里，877鄰。