東門巴克禮紀念教會位於東門路一段187號。1903年巴克禮牧師及夫人為使新樓醫院及學校相關工作人員有禮拜的場所，乃提供台南神學校的教師宿舍做為大家禮拜聚會之用，1906年成立太平境教會東門支會，1921年升格為堂會，1926年於現址完成建堂。教會是一個小型長方形巴西利卡式的教堂，教堂屋頂原以台灣傳統瓦片鋪設，近年整修後更換為金屬屋頂，民國92年為紀念巴克禮牧師，更名為台南東門巴克禮紀念教會。